האוניברסיטה העברית מפעילה בכל קמפוס בתי כנסת ליהודים וחדרי תפילה למוסלמים. תפילות סדירות מתקיימות מדי יום, כמו כן ניתנים גם שירותי ייעוץ בנושאים הלכתיים ומסורתיים. ניתן לקבל מידע לגבי קיום שמחות, כשרות (ככלל כל שירותי ההסעדה בקמפוסי האוניברסיטה נמצאים תחת השגחה), כמו גם תוכניות לימוד שונות, שיעורי קודש (תנ"ך, גמרא, מחשבה ועוד) בשיתוף עם גורמים שונים: בית הלל, תכלת, חברותא וחב"ד בקמפוס.
תוכניות בית המדרש מציעות לסטודנטים באוניברסיטה העברית גישה ללימודי יהדות חווייתיים בנוסף ללימודיהם האקדמיים הסדירים.
הלימודים מתמקדים בזהות יהודית ומחויבותם לערכים יהודיים, תוך רכישת הבנה רוחנית מעמיקה לעולם בו אנו חיים, בעזרת תוכנית עשירה, שיעורים והרצאות במגוון נושאים כתורה, תלמוד, הלכה, מחשבת ישראל ופילוסופיה. תוכניות בית המדרש פתוחות לכל - גברים ונשים, דתיים וחילוניים.
בתי כנסת ומקומות תפילה
קמפוס הר הצופים:
בית הכנסת הכט - מדעי הרוח גוש 43
תפילת שחרית: 07:00
תפילת מנחה: 13:20, 14:10, 16:10
תפילת ערבית: 18:10, 20:10
מעונות:
חדר הפעילות בבניין 4 בכפר הסטודנטים (הר הצופים)
תפילת וסעודות שבת בתיאום עם רכזי הפעילות במעונות הסטודנטים
קמפוס אדמונד י.ספרא בגבעת רם:
בית הכנסת ע"ש גולדשטיין מול המעונות
שיעורים במהלך השבוע ( חברותא וחב"ד בקמפוס) + קבלת שבת
תפילת מנחה
הספרייה הלאומית – רחבת הכניסה
מקלט מכון לכימיה / בניין קזאלי – 13:45
חדר אוכל אב"ת
תפילת ערבית:
מעונות הסטודנטים בניין 9
רחובות:
בית הכנסת במעונות הסטודנטים – בניין 2
תפילת שחרית 07:00
תפילת מנחה 14:00
תפילת ערבית 22:00
עין כרם:
בית הכנסת של המרכז הרפואי הדסה
חדרי תפילה למוסלמים
קמפוס אדמונד י. ספרא בגבעת רם: בניין 'הצוללת' - מקלט מתחת לחוות המחשבים
קמפוס הר הצופים: מקלט מדעי הרוח גוש 45-44
קמפוס עין כרם: במרכז הרפואי הדסה
רחובות: בניין אקדמון לשעבר (סמוך למעונות הסטודנטים)